El film ens explica la lluita de dos homes per aturar les atrocitats del nazisme. El primer, Kurt Gerstein, fou químic i membre de les SS que en la vida real s’encarregava de proporcionar el gas Zyklon B als camps de la mort. Però això no li impedeix denunciar els crims, alertar els aliats, el Vaticà, als seus compatriotes i a les esglésies cristianes, encara que això signifiqués posar en perill la seva vida i la de la seva família.
El segon és Riccardo Fontana, un jove jesuïta, un personatge de ficció que ve a representar els sacerdots que van voler oposar-se a la barbàrie. Representa un símbol de tots els religiosos, coneguts o no, que van rebutjar el silenci imposat per les jerarquies de les seves esglésies. El pare del jove capellà, el comte Fonatana, li diu que hi ha una vida tal com és i una vida com hauria de ser, i que no tenim més remei que viure amb la vida tal com és. Però Riccardo no ho accepta i així ho demostra en el tram final de Amen. Una pel·lícula que denuncia la indiferència i la covardia dels que sabien el que passava i van decidir callar.