Mitjançant el relat del cardenal Altamirano, el qual escriu un informe per al Papa, el
film ens explica els fets ocorreguts a la segona meitat del segle XVIII, quan en virtut del Tractat de Madrid (1750) foren transferits uns territoris espanyols del Paraguai a Portugal.
Aquest fet va suposar la supressió de les “reducciones” jesuïtes on els indis vivien
lliurement. El pare Gabriel arriba a un lloc remot de la selva i ajudat per altres jesuïtes posa en marxa una “reducción”. Paral·lelament, Rodrigo de Mendoza, un aventurer espanyol que es dedica a caçar indis per vendre’ls com a esclaus, té una gravíssima crisi després de matar el seu germà per qüestions amoroses, i se’n va a la selva amb els jesuïtes. Allí es transformarà completament. Un cop que s’imposa l’aplicació del Tractat, els clergues es resisteixen de forma diversa: uns amb les armes i altres des de la no violència.