Cidade de Deus, adaptació de la novel·la de Paolo Lins, retrata el creixement del crim organitzat a Cidade de Deus, un suburbi violent de Rio de Janeiro, entre finals dels anys seixanta fins a principis dels vuitanta. El veritable protagonista de la pel·lícula és aquest barri, un dels més perillosos de la ciutat de Rio. El narrador és Buscapé, un jove massa fràgil i tímid per dur una vida criminal, però amb talent per poder tenir èxit com artista i fotògraf. A través dels seus ulls veiem el desenvolupament de la vida, les lluites, l’amor i la mort dels personatges.
La pel·lícula comença amb un Buscapé que té 11 anys. Observa les coses que passen i els personatges que l’envolten, com ara Dadinho. Un nen de la seva edat que somnia ser el criminal més perillós de Rio i que comença el seu aprenentatge fent encàrrecs per als delinquents locals. Dadinho admira Cabeleira i la seva colla que atraquen els camions de butà i fan altres petits robatoris, És precisament Cabeleira qui dóna a Dadinho l’oportunitat de fer el seu primer assassinat, el primer de molts.
Anys més tard, veiem com Buscapé segueix estudiant i circulant per la frontera que
separa el crim de la vida honrada. Dadinho ja té una petita banda i grans ambicions. Quan Dadinho descobreix que el tràfic de cocaïna és una activitat més rendible que els robatoris, reorganitza els seus negocis, que prosperen de forma espectacular.