Any 1944, cinquè any del règim franquista. Una nena de 13 anys, Ofelia, es trasllada amb la seva mare embarassada, Carmen, a un petit poble, a prop dels Pirineus, on es troba destinat Vidal, cruel capità franquista, el nou marit d’Ofelia i gens agradable als ulls d’Ofelia. La missió del capità Vidal és liquidar el maquis, és a dir, els darrers vestigis de la resistència republicana, que s’amaga en els boscos de la zona. Allí hi ha un molí que és el centre d’operacions de Vidal. Allí viu, també, Mercedes, una jove que dirigeix els altres membres del servei; i el metge, que tindrà cura de l’embarassada.
La primera nit, Ofelia descobreix les ruïnes d’un laberint on troba un faune, una estranya criatura que li revela un fet extraordinari: Ofelia en realitat és una princesa, la princesa Moana, última de la seva estirp, a qui els seus súbdits porten molt de temps esperant. Per poder tornar al seu regne màgic, la nena haurà de passar tres proves abans de la lluna plena…
