La pel·lícula ens explica la relació paterno-filial entre un adolescent jueu que viu pràcticament sol en un suburbi de Paris i un botiguer del seu carrer, que anomenen l’àrab. Situada en un París caracteritzat per la seva tolerància, la història de Momo i Ibrahim és un cant a la comprensió entre cultures.
Paris, anys 60. En un barri obrer, Momo és un noi jueu orfe (de fet), que només gaudeix de l’amistat i de l’afecte de les prostitutes de la Rue Bleue. Momo compra els queviures a la botiga de l’àrab, el senyor Ibrahim, un silenciós i enigmàtic home que veu i sap més del que sembla. Ibrahim es converteix en el millor amic del jove i junts comencen un viatge que canviarà les seves vides.
Monsieur Ibrahim … tracta de l’amistat entre dues soledats, una que comença a viure i una altra que es troba al final del seu recorregut. Els seus diferents orígens no tenen cap importància, l’essencial és que són complementaris. El noi li dóna al senyor Ibrahim una última justificació a la seva vida; mentre que el vell li transmet a Momo la saviesa que necessita per al seu creixement interior.
Tot i que l’Alcorà figura al títol no es tracta d’una pel·lícula que tingui a veure amb la religió. Té més a veure amb les flors, que també figuren al títol; les flors de la raó, de la llibertat. Ibrahim és un home respectuós amb l’Alcorà, però les seves creences no es superposen en absolut al seu humanisme, a la seva filosofia de vida que transmet sàviament a Momo. Interpreta el llibre sagrat com s’han d’interpretar els llibres sagrats, per viure plenament i amb llibertat.